OPERATION FLASHPOINT — Сопротивление — Сюжет кампании разворачивается в 1982 году, за три года до событий оригинальной игры. Игрок берет на себя роль бывшего бойца специального назначения Виктора Трошки, который вернулся на родной остров Ноговия после длительной службы. На Ноговии 30 лет существовал социалистический режим, однако незадолго до приезда Трошки начались либерализация и рыночные преобразования. В 1982 году на Ноговии вспыхивает правительственный кризис: остатки коммунистической фракции в парламенте выходят из его состава и обращаются за помощью к СССР. С Колгуева на остров вторгаются силы советской армии под командованием полковника Губы. Силовые структуры Ноговии были не в состоянии противостоять советской армии, президент ушёл в отставку, но на острове начало зарождаться партизанское движение. Партизаны обращаются за помощью к Трошке как к имеющему опыт войны с советской армией, но сначала тот отказывается и пытается отговорить повстанцев от участия в боевых действиях. Однако после того как Губа отдаёт приказ расстрелять нескольких его друзей, если те не выдадут скрывающегося партизана, Трошке приходится вмешаться.
Виктор вынужденно принимает командование над образовавшимся Сопротивлением (либо игрок может выбрать сторону СССР и выдать повстанцев, но после этого Трошку расстреляют вместе с лидерами Сопротивления). В ходе боёв партизанам удаётся захватить у советской армии оружие и бронетехнику, а также воспользоваться остатками оружия местной армии. Партизаны захватывают контроль над севером острова и успешно отражают атаки советской армии. Вскоре они начинают наступление, но войска Губы впервые задействуют вертолёты и наносят партизанам крупное поражение.
На остров с Малдена прибывает диверсионная группа майора Джеймса Гастовски, доставившая партию оружия и ПЗРК. Партизаны наносят удар по советскому аэродрому, уничтожая вертолёты. После этого Губа идёт на переговоры, захватив группу заложников из родной деревни Трошки, Долины, в том числе его возлюбленную Лиз. Однако переговоры оказываются ловушкой, между партизанами и советской армией вспыхивает бой, Губа сбегает, а все заложники погибают. После этого Трошка переходит к широкомасштабным действиям по полному вытеснению советских войск с Ноговии. Взорвав мост через залив, делящий остров практически на две части, и блокировав единственную обходную дорогу, партизаны наносят удар по столице острова Липани, затем уничтожая советские силы во втором по величине городе острова — Петровиче.
За советской армией остаётся лишь аэродром на юго-западе острова. Советские силы начинают покидать остров, однако Губа решает перед уходом уничтожить всё население острова и вызывает для этого три штурмовика Су-25 с напалмовыми бомбами. США высылают к острову крейсер для того, чтобы захватить аэродром и не дать штурмовикам взлететь, однако он не может успеть до начала бомбардировки. Командующий войсками на Малдене генерал Уильямс отказывается от прямого вмешательства. Пробравшиеся к аэродрому бойцы Гастовски погибают при попытке взорвать самолёты — выживает лишь сам тяжело раненый майор. Трошка решает сам уничтожать самолёты. Ему это удаётся, однако Губа, лично возглавив отряд советских танков и пехоты, преследует Трошку. Трошка оказывается блокирован в ущелье и расстрелян из танковых орудий. Советские танки атакуют главные силы партизан, однако в этот момент их уничтожают американские вертолёты, отправленные полковником Блейком с Малдена. Губа успевает покинуть остров на вертолёте, остатки советских войск попадают в плен.
Ноговия возвращается к мирной жизни. Полковник Блэйк становится командующим войсками на Малдене. Гастовски уходит в отставку и остаётся в Ноговии, где создаёт небольшую авиакомпанию. Тело Виктора Трошки так и не было найдено.